基金设有“科学与技术成就奖”、“科学与技术进步奖”、“科学与技术创新奖”三个奖项。其中：

“科学与技术成就奖”既授予长期致力于推进国家科学技术进步，贡献卓着，历史上取得国际高水平学术成就者；也授予在科学技术前沿，取得重大科技突破，攀登当今科技高峰，领先世界先进水平者和推进技术创新，建立强大自主知识产权和着名品牌，实现我国民族产业居于当今世界前列者。

“科学与技术进步奖”，授予在特定学科领域取得重大发明、发现和科技成果者，按学科领域分设数学力学奖、物理学奖、化学奖、天文学奖、气象学奖、地球科学奖、生命科学奖、农学奖、医学药学奖、古生物学考古学奖，和机械电力、电子信息、交通运输、冶金材料、化学工程、资源环保、工程建设技术奖等17个奖项。“科学与技术进步奖”的评选主要考察被提名人近10年所做出的突出贡献。

“科学与技术创新奖”，授予具有高水平科技成就而通过技术创新和管理创新，包括原始创新、集成创新、引进消化吸收再创新，创建自主知识产权产业和着名品牌，创造重大经济效益和社会效益的杰出贡献者。“科学与技术创新奖”分设“产业创新奖”、“区域创新奖”和“青年创新奖”。其中，“产业创新奖”，授予依靠重大创新，推进技术进步和产业升级，创建自主知识产权和着名民族品牌者；“区域创新奖”，授予在内地、边远、艰苦地区，扎根基层，通过区域科技创新成果，对地方经济社会发展做出杰出贡献者；“青年创新奖”，授予年龄在45周岁以下，在相关领域作出重要科技创新成果，取得突出经济、社会效益的优秀青年科技人才。